Mata kuliah SK6004 bernama Proyek Khusus dalam Sains Teori dan Matematika. Mata kuliah ini merupakan mata kuliah pilihan untuk persiapan penelitian akhir lebih awal. Kuliah ini berbasis belajar mandiri dan terbimbing serta kegiatan penelitian kecil (small project). Cakupan materi kuliah ini mencakup teori atau dasar-dasar matematika yang dibutuhkan dalam penelitian akhir Program Magister Sains Komputasi, yang bisa dianggap berada dalam naungan fisika teori, kimia teori, atau matematika. Mahasiswa dari universitas lain (di Indonesia atau negara lain) dapat mengambil kuliah ini lewat suatu program pertukaran mahasiswa, dengan melakukan proyek kecil dalam suatu kunjungan singkat (40 hari atau 3 bulan).
