Nama mata kuliah SK6003 adalah Proyek Khusus Sains Molekul Komputasi. Mata kuliah ini merupakan mata kuliah pilihan untuk persiapan penelitian akhir lebih awal dalam bidang Sains Molekul Komputasi, yang berbasis belajar mandiri dan terbimbing serta kegiatan penelitian kecil (small project). Cakupan penelitian yang didukung lewat kuliah ini mencakup penelitian yang membutuhkan metode komputasi untuk permasalahan yang melibatkan molekul. Mahasiswa dari universitas lain (di Indonesia atau negara lain) dapat mengambil kuliah ini lewat suatu program pertukaran mahasiswa, dengan melakukan proyek kecil dalam suatu kunjungan singkat (40 hari atau 3 bulan).
